Der Bergwaldprojekt e.V. arbeitet seit 2017 mit Freiwilligen im Nationalpark Jasmund, mit 3.070 ha der kleinste deutsche Nationalpark. Hier war der Verein zunächst mit der Wiedervernässung seltener, eiszeitlich entstandener Kesselmoore beschäftigt. Der Bergwaldprojekt e.V. hat damit die Landschaft des Nationalparks mitgestaltet und Kernzone, also Wildnis, geschaffen. Doch ein Nationalpark ist nicht nur Wildnis, manche Schutzgüter müssen auch aktiv erhalten werden. Dafür existiert neben der Wildnis eine Pflegezone. In dieser Zone hält der Bergwaldprojekt e.V. mit Freiwilligen beispielsweise die Kreidebrüche offen, damit Offenlandarten wie Orchideen nicht verdrängt werden. Eine ähnliche Zusammenarbeit besteht seit vielen Jahren auch mit dem Nationalpark Vorpommersche Boddenlandschaft. Hier werden beispielsweise Heideflächen auf der Insel Hiddensee entbuscht. In 2024 soll zudem ein kleiner Moorwald im Bereich des Vordarßes nahe der Kernzone renaturiert werden. Hierbei handelt es sich um einen prioritären Lebensraum von besonderer Bedeutung, weshalb zur dauerhaften Verbesserung seines Zustandes nun die Fang- und Entwässserungsgräben vom Bergwaldprojekt e.V. beseitigt werden. Dies geschieht, indem mit Verbauungen aus Holz der Abfluss im Graben unterbunden und mit einer Grabenverfüllung hydrologisch homogene Verhältnisse wieder hergestellt werden.